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python의 set operation을 알아봅시다.
set가 빠릅니다 만약 해당 데이터 set이 unique하고 세트에 있는지 없는지 찾아야 하는 일이 많다면, 무조건 set로 처리하시는 것이 좋습니다. 아무튼, python3에서 지원하는 set operation을 한번 정리하는 게 좋을 것 같아...
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graphviz로 만든 그림을 jupyter notebook에 embed하기
jupyter notebook에 그림을 넣고 싶어요. graphviz로 그림을 만드는 함수를 다음처럼 정의했습니다. 그런데, 저는 경우에 따라서 한 셀 내에서 여러 그림을 동시에 보여주려고 하고 있거든요. 따라서 다른 방법을 모색했습니다. usi...
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np.random.seed in jupyter notebook
인트로 저는 jupyter notebook에서 코딩을 합니다. 경우에 따라서, jupyter notebook이 불편하다고 느끼는 사람들도 있어요. 전통적인 IDE들과는 다르게, 브라우저에서 돌아가는 것도 그렇고, cell별로 코딩을 하는데, ce...
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nx의 graph를 pygraphviz로 변경해서 그리기
간단합니다. 보통 때는 상관이 없는데, tree 구조를 그릴 때는 graphviz의 레이아웃이 그림이 더 이쁘거든요. 그래서 간단하게 변경하는 코드를 추가합니다. 두잇 간단합니다. 밑에 주석처리한 코드는 그림을 원하는 곳에 저장하고 싶을 때 씁니...
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nx의 layout을 rescaling합니다.
rescaling layout networkx로 네트워크를 시각화할 때 다양한 layout을 씁니다. 보통 쓰는 spring, spectral, shell 등의 레이아웃에는 문제가 없는데, 아래와 같은 layout을 사용할때는 0.0과 1.0사이...
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nx.graph가 tree일 때 root, level 찾기
tree에서 Root 찾기 networkx의 를 사용해서 tree를 만들고 관리하는데, 그때 적절한 root를 찾는 것이 중요해요. 또 해당 root를 중심으로 다른 node들이 얼마나 멀리 떨어져 있는지를 파악하는 것도 중요하구요. 그래서 아래...
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networkx graph tree 구조 예쁘게 그리기
tree에 적합한 layout을 찾습니다. networkx에는 다양한 layout이 있습니다만, tree 구조에 적합한 레이아웃은 없어요(정확히는 없다고 생각했습니다). 그런데 사실 없다는게, 제 입장에서는 말이 안되서 한참 찾았는데, 찾다보니 ...
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networkx의 random tree 만드는 함수 정리
random하게 tree를 만듭니다. 예전에 제가 직접 random하게 tree를 만들어주는 코드를 만들었습니다. random하게 각 level별 node의 수를 정하고 children의 수도 랜덤하게 정해서 진행했는데, 생각보다 만드는데 시간이...
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5년동안 수집한 개인 인간관계 데이터를 분석합니다.
인간관계를 분석합니다. 이번에 파이콘 한국 2018에서 발표하게 되어 발표자료를 준비하고 있습니다. 일단 여기에는 그림은 들어가지 않을 예정이고, 코드만 정리해서 보여줄 예정입니다. 발표자료는 여기서 보실 수 있습니다. 아무래도 필요한 부분들을 ...
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cairosvg 문제 해결하기
svg를 png로 바꾸고 있습니다. graphviz를 사용할 때, svg, png, pdf 로 모두 저장할 수 있지만, png로 저장할 때 dpi가 매우 낮게 설정되는 일들이 발생합니다. 어떤 글에서는 를 사용해서 dpi를 graph의 attri...
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graphviz 다시 설치하기
runtimerror 예전에도 맥에서 graphviz를 잘 실행했는데 오늘은 뭐가 잘 안되더군요. 에러는 다음과 같았습니다. 잘 모를 때는 그냥 검색을 해보면 되는데, 검색해보면 스택오버플로우에서 아주 잘 정리된 답변이 있습니다. 아래를 순서대로...
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DiGraph를 arrow로 그립시다.
DiGraph DiGraph는 방향성이 있는 네트워크를 말합니다. 일반적인 graph라면 edge를 그냥 그리면 되는데, 방향성이 있는 graph는 화살표를 잘 그려줘야 합니다. arrow style은 여기에 볼 수 있는데, 각각 어떻게 나오는지...
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networkx로 random tree 만들기
random tree 만들기 random tree를 만들거에요. tree라는 것은 parent, children를 가지는 스트럭쳐죠. 저는 parent, children로 node를 접근하는 건 만들지 않았습니다만, random 하게 tree를 ...
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plt.title의 위치 바꾸기.
title 위치 바꾸기 다른 일에는 별 문제가 없는데, heatmap을 그릴때는 종종 문제가 됩니다. 특히 xtick을 위쪽으로 두면 다음 그림에서처럼 xtick과 title이 겹쳐서 보기 흉해져요. 그림을 보면, title과 xtick이 겹쳐 ...
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nx에서 random bipartite graph만들기
havelhakimigraph networkx에 라는 랜덤한 bipartite 그래프 생성기가 있습니다. 만약 bipartite set가 각각 5개, 3개 라면, 그 크기의 각 node의 deg sequence를 넘겨주면 그 deg들에 맞는 gr...
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networkx에서 graph를 만들고 relabeling하기
노드를 바꿔주기 networkx에는 꽤 괜찮은 random graph generator들이 많이 있습니다. 단 만들 때부터 node set를 정하고 만들기는 조금 어려워요. 그렇다면 일단 만든 다음에 바꿔주면 됩니다 하하핫 쉽죠. 바꿔주는 방법이...